2018年10月7日のニュースによると、Microsoft社はバージョンアップの停止を呼びかけています。
「1809」へのバージョンアップで、『ドキュメント』（C:/Users/[username]/Documents/）フォルダー内のファイルが焼失する問題が報告されており、これを調査するためとのことです。
バージョンアップは待ちましょう。
サポート文書によると、「もしマニュアルでアップデートファイルをダウンロードした場合は、インストールせずに新しいアップデートファイルの提供を待ってください」ということが書かれています。
「Known issues updating to Windows 10, version 1809」（アップデートに関する既知の問題）のところです。
If you have manually downloaded the Windows 10 October 2018 Update installation media, please don’t install it and wait until new media is available.
マイクロソフト社のサポート文書
すでに配信は一時停止されているということですが、ファイル消失のリスクがあるのでご注意ください。
調査が進んで問題が解決されれば、あらためて更新ファイルが配信されるでしょう。
専門的な知識がないので、それまでは待つしかないです。
ファイルが消えてしまった場合でも、復旧できる可能性が残されています。
対象デバイスの使用を控えて、まずはMicrosoftのサポート窓口に相談してください。
「1809事件」ですね。。
なお、ファイル消失の問題はすべてのユーザーに起こるわけではありません。
現に手元環境では、特に問題は発生していません。運がよかったです！
2018年11月14日から再開しています。
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